財政健全方案納入兩稅合一改革案，財政部確定維持兩稅合一制度，但現行股利內含的17%營所稅，100%可做為個人綜所稅扣抵額的原則將會改變。據指出，股利可扣抵率可能調降為50%到80%間。
依據財政部評估，股利所得的抵稅率若下降至50%（即股利內含的公司已納所得稅，只有一半可提供股東抵稅；另一半不再做為抵稅之用），國庫每年可以新增的稅收約是400億元。
調降兩稅合一扣抵率，股利所得稅負將會上升，獲配股利者將面臨股利補稅金額增加、或退稅金額減少的變化，對股民的衝擊大。持股較多的企業大股東與中小企業負責人，更是改革後首當其衝的增稅對象。
兩稅合一是為消除股利所得在公司階段與個人股東階段重複課徵兩次所得稅的現象，經由准許將股利中所含的公司所得稅，用以抵減股東個人所得稅，即可消除重複課稅。
我國兩稅合一採行的是完全設算扣抵制，即公司所得稅可以全數用以抵稅。因此，經由兩稅合一，股利所得稅負高低，取決於股東個人所得稅的適用稅率，最低5%、最高40%。
財政部今（24）日將公布財政健全方案，檢討兩稅合一被列為強化政府收入結構的「稅制調整」策略一環。
據指出，去年財政部曾經委託學者就兩稅合一提出檢討意見，經考量結果財政部初步決定，在變動幅度最少、修法工程最小的原則下，兩稅合一只修不廢，維持現有的設算扣抵制，但扣抵率將會下修。
我國實施兩稅合一16年來，扣抵率未做過修正。完全設算扣抵制下，股利所得的可扣抵上限，以目前營所稅率17%計算，獲配股利若未加徵10%保留盈餘稅，扣抵上限不超過20.48%，即個人股東綜所稅率若低於20.48%，股利所得不僅不必再繳綜所稅，還可以獲得退稅；反之則要補稅。
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